Однако уже 18 декабря того же года, с образованием Реввоенсовета Республики, приказом № 394 вся структура РККФ претерпела очередную реорганизацию. Была упразднена Коллегия Народного комиссариата по морским делам и вместо неё в составе РВСР создали Морской отдел во главе с командующим МС Республики. Соответственно вместо УМА был образован Авиационный отдел, который, как ни странно, вошёл в Главное управление кораблестроения⁹.

К концу Гражданской войны, 25 марта 1920 г., согласно приказу РВСР № 447/78, всё авиационное, воздухоплавательное и гидроавиационное дело Республики было объединено под началом Главного управления Рабоче-Крестьянского Красного Воздушного Флота. Одновременно учредили должности помощника начальника ГУ РККВФ по гидроавиации, помощника начальника Воздухофлота Республики действующей армии и флота и помощников начальников военных округов и фронтов по гидроавиации. А приказом РВСР № 2449/478 от 10.11.1920 г. действующую морскую авиацию в оперативном отношении подчинили коморси Республики. Согласно этому же приказу, помощника начальника ГУ РККВФ по гидроавиации также оперативно подчинили коморси Республики, по указаниям которого тот руководил боевой деятельностью авиации, а начальников авиации морей, авиационных дивизионов и отрядов подчинили командующим флотами и флотилиями¹⁰.

Уже в октябре того же года РВСР утвердил ряд важных документов: Положение о морской авиации РСФСР в военное время, Положение о начальнике Воздушного флота моря и состоящем при нём штабе и Положение о воздушном гидродивизионе¹¹. А чуть менее чем через месяц, 10 ноября, помощника начальника Воздухофлота Республики по гидроавиации в оперативном отношении подчинили командующему Морскими Силами Республики.

Но, вопреки непрекращавшимся попыткам военных моряков вернуть себе Морскую авиацию, 22 ноября 1922 г. РВСР в приказе № 2666/506 вновь подтвердил, что она по-прежнему является составной частью Рабоче-Крестьянского Красного Воздушного Флота, а начальники воздушных флотов (с 1924 г. — военно-воздушных сил) морей подчиняются соответствующему командованию морских сил только в оперативном отношении. Все вопросы организации, управления, вооружения, специального снабжения, комплектования и подготовки кадров морской авиации были возложены на ГУ РККВФ с предварительным их согласованием с военно-морским командованием¹².

В результате военной реформы 1924 г., когда 15 апреля РККВФ был переименован в ВВС РККА и создано Управление ВВС с подчинением РВС СССР, в последнем остался лишь отдел, ведавший делами Морской авиации¹³. К тому времени ВВС подразделялись на боевые (сухопутная, морская авиация, части воздухоплавания) и тыловые (аэродромы, склады, учебные заведения и др.) части и учреждения.

Такое положение дел сохранялось вплоть до 1935 г., когда, на основании приказа наркома обороны и постановления ЦИК и СНК СССР от 5 мая, Морскую авиацию вновь вывели из состава ВВС Красной Армии и подчинили начальнику МС РККА В.М. Орлову¹⁴.

А через два года, 25 июля, приказом наркома обороны многострадальную морскую авиацию в который уже раз опять передали в ведение начальника ВВС РККА — заместителя наркома обороны по авиации. Была введена и соответствующая должность заместителя начальника ВВС РККА по морской авиации, а в составе центральных органов Военно-Воздушных Сил вновь восстановили специальные отделы и отделения по управлению авиацией флота. На флотах морская авиация стала подчиняться командующим флотами только в оперативном отношении.

К радости военных моряков, этот последний период длился всего пять месяцев. С созданием 30 декабря 1937 г. самостоятельного Наркомата ВМФ СССР в его составе 1 января следующего года было создано Управление ВВС ВМФ (должность начальника авиации ВМФ, а также Положение о начальнике ВВС и Управлении ВВС ВМФ ввели в июне 1939 г.)¹⁵. Только тогда окончательно и определилось положение морской авиации как одного из родов сил флота.

Неслучайно 20 мая 1939 г. Главный военный совет ВМФ рассмотрел План гидросамолётостроения на 1939—1940 гг. и признал необходимым с целью повышения боевой мощи флота наряду с сухопутными типами самолётов вооружать Морскую авиацию морскими лодочными гидросамолётами с большой мореходностью и дальностью полёта, способными обеспечить тесное взаимодействие с флотом и непрерывность действия¹⁶.

Что касается перипетий с самим РККФ, то ещё 22 июля 1926 г. для руководства флотом и флотилиями было создано Управление Военно-Морских Сил Рабоче-Крестьянской Красной Армии (с 05.05.1935 г. — УМС РККА¹⁷) и образован Главный морской штаб, подчинявшиеся Наркомату по военным и морским делам и РВС СССР (с 20.06.1934 г. — Наркомату обороны СССР).

Через 11 лет, как уже отмечалось, согласно постановлению ЦИК и СНК СССР от 30.12.1937 г., был образован Наркомат ВМФ СССР (Положение о НК ВМФ СССР и его руксостав утверждены ЦИК и СНК 15.01.1938 г.¹⁸). При наркоме был создан совещательный орган — Главный военный совет ВМФ, персональный состав которого СНК СССР утвердил 8 апреля 1938 г.¹⁹.

С 10 мая 1937 г. на флоте был введён институт военных комиссаров, просуществовавший до августа 1940 г.

В области военно-морской теории впервые появились такие руководящие документы, как Боевые уставы ВМС РККА — БУ/30 (от 27.02.1930 г.) и временный БУМС-37 (от 26.03.1937 г.).

16 октября 1939 г. приказом наркома ВМФ СССР вместо Корабельного устава ВМС РККА от 13.04.1932 г. был введён в действие новый Корабельный устав Военно-Морского Флота.

5 мая 1930 г. утвердили Наставление для производства манёвров Военно-Морских Сил РККА, 19 июля 1940 г. — Наставление по боевой деятельности штабов соединений Военно-Морского Флота, а 26 ноября того же года — и Наставление по ведению морских операций (НМО-40)²⁰.

Флот рос количественно и совершенствовал свою оперативно-тактическую подготовку, отводя больше времени крупным учениям, манёврам и походам.

Но это была лишь внешняя, видимая сторона дела, так как к тому времени, начиная с середины 1920-х гг. и вплоть до середины 1930-х гг., страну и её единственную и руководящую партию — ВКП(б), её руководство раздирала острейшая внутриполитическая борьба.

Именно в этот период Советское государство постепенно превращалось в тоталитарное, формировалась командно-административная система, во главе которой находился всё более возвеличивавшийся И.В. Сталин.

Присущие ему черты, о которых сперва предупреждал В.И. Ленин²¹, а потом и Л.Д. Троцкий²², как сочетание «энергии», «воли» и «решительности » с «эмпиризмом, близорукостью, органической склонностью к оппортунистическим решениям в больших вопросах, личной грубостью, нелояльностью и готовностью злоупотреблять властью для подавления партии»²³, находили своё воплощение и в решениях, и в делах руководства армии и флота.