Возобновление жизни на территории города связано с именем князя Юрия Ярославича, возвратившегося в Муром с боярами, купцами и посадскими людьми в 1351 году.

В 1355 году сподвижник муромского князя Юрия Ярославича князь Федор Глебович занял Муром и отправился в Орду за грамотой к хану Чанибеку, выдавшему Федору ярлык на княжение.

В результате раздоров между муромскими князьями, как отмечает Карамзин, «род оных пресекся и столица города Мурома, присоединенная к великому княжению, уже управлялась наместниками московскими».

Татаро-монгольское иго не убило в русском народе чувства национального достоинства.

В 1380 году войска Димитрия Донского разгромили татаро-монгольские орды в Куликовской битве. В этой битве муромская дружина во главе с последним муромским князем Андреем своим смертельным ударом в критический момент оказала решающее влияние на исход битвы и на победу русского войска. Как говорит летопись, «одних муромских бояр полегло до 20 человек».

В 1392 году Муромское княжество было присоединено к Московскому вместе с Нижегородским княжеством, Мещерой и Тарусой.

Это усилило стратегическое значение Мурома как форпоста на восточной границе русского государства, как одного из важнейших стратегических пунктов в борьбе с казанскими ханами.

В 1408 году татарское войско во главе с князем Эдигеем вновь разрушило Муром, Владимир, Переславль, Ростов. Церкви и монастыри были разграблены, большинство жителей истреблено. «Счастлив был тот, кто мог спастися бегством, - говорит летопись, - жители падали ниц на землю перед варварами и в этом положении не смели шевелиться, ждали судьбы своей, и монголы отсекали им головы или стреляли по них, как будто для забавы».

Великий князь Василий Васильевич (Василий Темный), к которому Муром перешел по духовному завещанию великого князя Василия Дмитриевича в 1425 году, возобновил крепость, сделав ее неприступной, но, как пишет Карамзин, при нападении казанского царя Улу Махмета в 1445 году «твердость дубовых стен ее уступила многочисленности неприятеля: царь взял приступом крепость и поселился в Муроме», хотя в том же году и был изгнан из города.

29 сентября 1458 года городская крепость и весь кремль вновь выгорели дотла.

Великий князь Иван III укрепил крепостные стены в городе. При нем в 1480 году Русь фактически освободилась от татаро-монгольского ига, тяготевшего над Русью почти три столетия, хотя вплоть до взятия Казани Иваном Грозным в 1552 году татары неоднократно нападали на Муром.

В 1538 году, как сказано в летописи, Сафа-Гирей «царь Казанский же, яко змий вынырнув из хвраетия» (хвороста), вновь подступил к Мурому, сжег предместье, но не мог взять самого города: граждане, затворясь в крепости, оборонялись крепко, отражая неприятеля из пушек и пищалей, и вскоре под натиском войск князя Дмитрия Вельского татары отступили.

В 1539 году казанцы вновь появились в муромских и нижегородских землях. Один из летописцев, сравнивая то время с Батыевым, говорит: «Батый протек молниею русскую землю, казанцы же не выходили из ее пределов и лили кровь христиан как воду. Обратив монастыри в пепел, неверные жили и спали в церквах, пили из св. сосудов, сыпали горящие уголья в сапоги монахам и заставляли их плясать».

В течение трех столетий Муром неоднократно сжигался дотла, жители города либо были истреблены, либо уведены в плен, и только благодаря неистребимому духу народа, его постоянному стремлению к творческому созиданию город пережил все невзгоды, выстоял все стихии.

Несмотря на то, что границы Русского государства в XVI столетии значительно продвинулись на восток, казанские ханы постоянно угрожали русским городам.

Строительство города Васильсурска в 1523 году в устье реки Суры при впадении в Волгу закрепило границу Русского государства на расстоянии 150 км от Казани.

После неудачного похода на Казань в 1549 году Иван Грозный принял решение захватить ее и возвратить земли Поволжья и реку Волгу их исконному владельцу - русскому народу. Небезынтересно знать, что решающее значение сыграла муромская рать в битве под Казанью в 1552 году, когда многочисленное войско Ивана Грозного дрогнуло от неожиданной вылазки татар. «Казанцы еще не уступали своих трофеев, - пишет Карамзин, - но явились муромцы, дети боярские, стародавним племенем и доблестью: ударили, сломили неприятеля, втиснули в ров. Победа решилась…»

Взятием Астрахани в 1556 году завершилось освобождение русских земель от татарского ига, после чего начался быстрый расцвет культуры, искусства, материального благосостояния государства.

Муром потерял значение форпоста русского государства на восточной границе и получил возможность для мирного развития.

С утверждением централизованного русского государства после полного освобождения от татаро-монгольского ига Муром зажил полнокровной жизнью, залечивая раны, нанесенные войнами, пожарами, голодом и болезнями. После долгого перерыва, длившегося около трех столетий, возобновилась муромская ярмарка.